Uyumluluk, e-defter tutmada kullanılan yazılımların, www.edefter.gov.tr adresinde yayınlanan kılavuzlarda belirtilen format, standartlar ve diğer teknik hususları sağlamasını ifade eder. Bir yazılımın uyumlu yazılım olması için Başkanlıkça yapılacak testleri başarı ile geçmesi gerekmektedir.